Arrêts maladie et temps partiel thérapeutique : ce qui change pour les agents territoriaux
À compter des 1er août et 1er septembre 2026, de nouvelles règles encadrent le temps partiel thérapeutique et les arrêts de travail pour raisons de santé dans la fonction publique. Délais de réponse, motivation des refus, formulaire sécurisé, durée des prescriptions et contrôles : UNSAgglo fait le point sur les conséquences concrètes pour les agents de Roissy Pays de France.
Temps partiel thérapeutique
Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, publié au Journal officiel le 31 juillet 2026, réforme plusieurs procédures applicables aux fonctionnaires et aux agents contractuels des trois versants de la fonction publique.
Deux dates doivent être distinguées
• le 1er août 2026 pour les nouvelles règles relatives au temps partiel pour raison thérapeutique ; • le 1er septembre 2026 pour les nouvelles modalités applicables aux arrêts de travail pour raisons de santé.
Cette réforme ne modifie pas l’ensemble des droits statutaires à congé de maladie. Elle agit principalement sur les procédures, les délais, les prescriptions médicales et les obligations des agents.
Temps partiel thérapeutique : une procédure désormais encadrée par des délais
Le temps partiel pour raison thérapeutique permet à un agent dont l’état de santé ne lui permet pas d’exercer immédiatement à temps plein de poursuivre ou de reprendre progressivement son activité.
Il peut notamment favoriser l’amélioration de l’état de santé de l’agent, permettre la poursuite de soins ou accompagner une rééducation ou une réadaptation professionnelle.
Depuis le 1er août 2026, l’autorité territoriale ne peut plus laisser une demande de temps partiel thérapeutique sans réponse pendant une durée indéterminée.
Un délai maximal de trente jours
Pour une demande initiale ou un renouvellement présenté dans une situation ordinaire, la décision de l’autorité territoriale doit intervenir au plus tard dans un délai de trente jours à compter de la réception de la demande.
Ce délai suppose que l’agent puisse établir précisément la date de transmission de son dossier. Il est donc essentiel de conserver un accusé de réception, une preuve d’envoi électronique ou toute autre trace permettant d’établir que la demande a bien été reçue.
Lorsque la demande intervient à l’issue
• d’un congé de longue maladie ; • d’un congé de longue durée ; • d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service, le CITIS ; • ou d’une disponibilité pour raison de santé,
la décision doit intervenir au plus tard le jour prévu pour la reprise de l’agent.
Cette règle s’applique également aux demandes de renouvellement présentées dans ces situations.
Un refus doit désormais être motivé
Le refus d’une première demande, le refus d’un renouvellement ou l’interruption d’un temps partiel thérapeutique à l’initiative de l’autorité territoriale doivent faire l’objet d’une décision motivée.
Une simple réponse orale, une formule générale ou l’invocation abstraite de difficultés de service ne suffisent donc pas.
La motivation doit permettre à l’agent de comprendre les raisons précises de la décision et, le cas échéant, d’en apprécier la légalité.
Un entretien préalable en cas de motif lié au service
Lorsque le refus ou l’interruption repose sur les nécessités de la continuité ou du fonctionnement du service, l’autorité territoriale doit organiser préalablement un entretien avec l’agent.
Au cours de cet entretien, l’agent peut être assisté par la personne de son choix.
Cette assistance peut notamment permettre à l’agent de présenter sa situation, de faire préciser les contraintes invoquées par l’administration et d’examiner les adaptations organisationnelles susceptibles de rendre le temps partiel thérapeutique compatible avec les besoins du service.
Le refus médical nécessite l’avis d’un médecin agréé
Lorsqu’une décision de refus ou d’interruption est fondée sur un motif médical, elle ne peut intervenir sans l’avis préalable d’un médecin agréé.
L’autorité territoriale peut également demander, dès la réception de la demande, que l’agent soit examiné par un médecin agréé.
L’absence injustifiée de l’agent à cet examen est particulièrement lourde de conséquences : elle vaut désistement de sa demande de temps partiel thérapeutique.
Il est donc indispensable de répondre aux convocations médicales ou, en cas d’empêchement réel, d’en informer immédiatement l’administration et de transmettre les justificatifs nécessaires.
Que se passe-t-il en cas de contestation médicale ?
Les conclusions du médecin agréé peuvent être contestées par l’agent ou par l’autorité territoriale devant le conseil médical siégeant en formation restreinte.
Lorsque l’agent bénéficie déjà d’un temps partiel thérapeutique au moment où le conseil médical est saisi, son autorisation est prolongée jusqu’à ce que le conseil médical rende son avis.
Cette disposition évite qu’un agent déjà engagé dans un processus de reprise progressive soit brutalement privé de son temps partiel thérapeutique pendant l’examen de la contestation.
La fin du contrôle médical systématique après trois mois
La réforme supprime le contrôle systématique par un médecin agréé qui intervenait lorsqu’un agent souhaitait prolonger son temps partiel thérapeutique au-delà d’une durée totale de trois mois.
Cette suppression ne signifie toutefois pas que tout contrôle disparaît.
L’autorité territoriale conserve la possibilité de demander un examen médical
• lors de la demande initiale ; • lors d’une demande de renouvellement ; • ou à tout moment pendant le temps partiel thérapeutique.
Le refus de se soumettre à ce contrôle ou une absence injustifiée peut entraîner le refus de l’autorisation ou l’interruption du temps partiel thérapeutique en cours.
La durée maximale d’un an n’est pas une nouveauté
La possibilité d’accorder un temps partiel thérapeutique dans la limite totale d’une année existait déjà.
La réforme ne crée donc pas un nouveau droit à douze mois supplémentaires. Elle modifie principalement la procédure d’instruction, les modalités de contrôle et les garanties entourant les décisions de refus ou d’interruption.
Les conditions médicales d’accès, les quotités de travail, les règles de rémunération et les modalités de reconstitution des droits ne sont pas modifiées par ce décret.
Arrêts de travail
Arrêts de travail : de nouvelles règles à compter du 1er septembre 2026
À partir du 1er septembre 2026, les modalités de prescription et de gestion des arrêts de travail pour raisons de santé évoluent également.
Ces nouvelles règles concernent aussi bien les fonctionnaires que les agents contractuels de la fonction publique territoriale.
Un formulaire d’arrêt de travail sécurisé
Pour bénéficier d’un congé pour raisons de santé, l’agent devra produire le formulaire Cerfa sécurisé établi par le professionnel de santé.
Cette évolution vise notamment à renforcer l’authenticité et la traçabilité des arrêts de travail.
L’agent devra donc vérifier que le document remis par le prescripteur est conforme et le transmettre dans les délais applicables à sa situation.
La mise en place du formulaire sécurisé ne dispense pas l’agent de respecter les règles internes de transmission à la collectivité. Il convient notamment de conserver une copie du document et une preuve de son envoi.
Une durée limitée pour chaque prescription
À compter du 1er septembre 2026, la durée d’une prescription sera normalement limitée : • à un mois pour l’arrêt initial ; • à deux mois pour une prolongation.
Le médecin pourra toutefois dépasser ces durées lorsque la situation médicale de l’agent le justifie.
Cette limitation concerne la durée de chaque prescription médicale. Elle ne réduit pas, à elle seule, la durée totale des droits statutaires à congé de maladie dont peut bénéficier l’agent.
Une prolongation normalement prescrite par le médecin initial
Le maintien de la rémunération en cas de prolongation sera subordonné au respect des règles relatives au prescripteur.
En principe, la prolongation devra être établie par le professionnel de santé ayant prescrit l’arrêt initial.
Des exceptions sont prévues lorsque ce prescripteur est indisponible ou lorsqu’il est impossible d’avoir recours à lui.
L’agent doit donc être vigilant lorsqu’une prolongation est réalisée par un autre médecin et veiller à ce que la situation entre bien dans l’un des cas admis.
Des contrôles de présence au domicile pourront être organisés
Lorsque l’arrêt de travail impose à l’agent de demeurer à son domicile pendant certaines plages horaires, l’employeur public pourra procéder à un contrôle administratif de présence.
Ce contrôle doit être distingué du contrôle médical portant sur la justification de l’arrêt ou l’état de santé de l’agent.
En cas de refus du contrôle ou d’absence injustifiée, la rémunération de l’agent pourra être suspendue.
Une absence ne devrait donc jamais rester sans explication. En cas de rendez-vous médical, de soins, d’examen ou de déplacement autorisé, l’agent doit conserver les justificatifs permettant d’expliquer son absence du domicile.
Ce que la réforme ne change pas
Le décret ne remet pas en cause les principes fondamentaux applicables aux congés pour raisons de santé.
Restent notamment applicables
• le respect du secret médical ; • l’interdiction pour l’administration d’exiger la communication du diagnostic de l’agent ; • les durées statutaires totales des différents congés de maladie ; • les règles de rémunération propres à chaque congé ; • le contrôle de l’aptitude à la reprise dans les situations prévues par les textes.
La réforme doit ainsi être comprise comme un renforcement du formalisme et des mécanismes de contrôle, accompagné de garanties procédurales nouvelles en matière de temps partiel thérapeutique.
Les conseils d’UNSAgglo aux agents de la CARPF
UNSAgglo recommande aux agents concernés de : • transmettre toute demande ou tout document par un moyen permettant de prouver sa date de réception ; • conserver une copie complète des certificats, prescriptions et correspondances adressés à l’administration ; • vérifier que les arrêts de travail et leurs prolongations sont établis selon les nouvelles règles ; • répondre aux convocations du médecin agréé ou justifier immédiatement toute impossibilité de s’y présenter ; • demander une décision écrite et précisément motivée en cas de refus ou d’interruption d’un temps partiel thérapeutique ; • se faire assister lors de l’entretien préalable lorsque le refus est fondé sur les nécessités du service ; • conserver les justificatifs de tout déplacement autorisé pendant un arrêt imposant une présence au domicile ; • solliciter rapidement un accompagnement syndical lorsqu’une décision paraît irrégulière, insuffisamment motivée ou incompatible avec les prescriptions médicales.
Une application locale qui devra être clairement organisée
Au-delà du texte national, l’efficacité de la réforme dépendra de sa mise en œuvre concrète par les employeurs territoriaux.
Les agents doivent pouvoir identifier clairement
• le service destinataire de leurs demandes ; • les modalités de transmission sécurisée des documents médicaux ; • la date à laquelle leur dossier est considéré comme complet ; • les interlocuteurs chargés de son instruction ; • les voies de contestation ouvertes ; • les modalités d’organisation des entretiens préalables.
UNSAgglo sera attentive à l’application de ces nouvelles règles au sein de la communauté d’agglomération Roissy Pays de France.
Nous demanderons qu’une information claire soit communiquée aux agents et que les circuits internes garantissent à la fois la confidentialité des données de santé, le respect des délais et l’effectivité des droits nouvellement reconnus.
Les règles changent, mais un principe demeure : un agent confronté à une difficulté de santé doit pouvoir bénéficier d’une procédure lisible, respectueuse de sa situation médicale et juridiquement sécurisée.
UNSAgglo — Roissy Pays de France
unsagglo@roissypaysdefrance.fr Libres Ensemble
Sources
- Sources officielles
- Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires.
- Direction générale de l’administration et de la fonction publique, actualité publiée le 30 juillet 2026 et mise à jour le 31 juillet 2026.
- Code général de la fonction publique, articles L. 823-1 à L. 823-6 relatifs au temps partiel pour raison thérapeutique.